PI AFのエレメントツリーをバックアップを目的としてエクスポート機能を利用しようかと思うのですが
完全なバックアップを目的とした場合どのオプションを選べば宜しいのでしょうか?

PI AFのエレメントツリーをバックアップを目的としてエクスポート機能を利用しようかと思うのですが
完全なバックアップを目的とした場合どのオプションを選べば宜しいのでしょうか?

それぞれのオプションの意味は以下に記載されています。(英語となります)
XML export options
基本的には構成文字列の簡略化以外は、全部チェックをつければよいかと思います。
構成文字列の簡略化:
Removes PI Data Archive and tag identifiers from configuration strings for PI point data references. Additionally, substitution parameters will be resolved.
Note:This option slows the export process because it requires evaluation of the saved configuration strings.
AFのバックアップをプロダクション環境で実装する場合、SQLのバックアップ機能で実装することになることが普通です。
以下はバックアップの注意点が記載されています。(こちらも英語となります。)
PI AF backup considerations
コマンドでバックアップを取得する場合、AFExport.exeを使用することも考えられます。
AFExport utility